Mendixur aparece por primera vez, con la grafía de Mendissur, en el documento conocido como “Ferro de Álava” o “Reja de San Millán”, datado en el año 1025.
En dicho documento se consignan los tributos que, en forma de rejas de hierro, pagaban los pueblos de Álava al monasterio navarro-riojano de San Millán de la Cogolla.
En aquel tiempo Álava estaba dentro del Reino de Navarra, permaneciendo así hasta su conquista y anexión por parte de Castilla en el año 1200. Mendixur estaba entonces dentro de la cendea de Ganboa.
Figura más tarde, en 1257, en la carta del obispo de Calahorra Jerónimo Aznar que enumera las parroquias de los arciprestazgos de Álava.
Aparece también en la relación de contribuyentes a la campaña de Tarifa en 1288, aportando 800 maravedíes, cifra sensiblemente superior a la de otros pueblos de la zona, lo que indicaría su prosperidad por aquel entonces. En 1295 aparece en el archivo del obispado de Calahorra su parroquia, dedicada a San Román.
Mendixur se hallaba en un importante nudo de comunicaciones, donde confluían los caminos que venían de Gipuzkoa y de Pamplona, para tomar luego dirección hacia Vitoria o hacia Bizkaia.
Tal importancia creció cuando se constituyó el Camino Real de las Postas al Reino de Francia, que unía las cortes de Castilla y de Francia, pasando a Gipuzkoa por el túnel de Sandrati/San Adrián.
Debido a ello, a partir del siglo XV la población fue bajando de la colina al llano, al pie del camino, quedando en el alto la parroquia de San Román.
La población en el siglo XVI era de unos 200 habitantes, que mantenían a seis clérigos. Consta la existencia documentada de un hospital en 1556, que todavía existía a finales del siglo XVIII.
En esa época pertenecía a la Hermandad Realenga de Gamboa, que luego fue el municipio de Gamboa, que desapareció en 1956 al construirse el embalse de Ullibarri-Gamboa.
En 1802 Mendixur tenía unos 90 habitantes que mantenían a un cura beneficiado. Mendixur cuenta en la actualidad con 53 habitantes.