Mendixur izena, Mendissur grafiarekin, “Ferro de Álava” edo “reja de San Millán” bezala ezagutzen den dokumentuan, 1025ean datatua, agertzen da lehen aldiz. Agiri horretan, Arabako herriek San Millan de la Cogolla Nafarroako eta Errioxako monasterioari burdin-sareekin ordaintzen zizkioten zergak jasotzen dira. Garai hartan, Araba Nafarroako Erresumaren barruan zegoen, 1200. urtean Gaztelak bereganatu eta atxiki zuen arte. Mendixur Ganboako zendean zegoen orduan.
Geroago, 1257an, Arabako artzapezpikuen parrokiak zerrendatzen dituen Jeronimo Aznar Calahorrako gotzainaren gutunean agertzen da. 1288ko Tarifa kanpainako zergadunen zerrendan ere agertzen da, 800 marabedi ekarriz, inguruko beste herri batzuetakoa baino nabarmen handiagoa, garai hartako oparotasuna adieraziko lukeena. 1295ean, Calahorrako gotzaindegiko artxiboan, bere parrokia agertzen da, San Romani eskainia.
Mendixur komunikazio-gune handi batean zegoen, eta han elkartzen ziren Gipuzkoatik eta Iruñetik zetozen bideak, gero Gasteizerako edo Bizkairako norabidea hartzeko.
Garrantzi hori areagotu egin zen Frantziako Erresumarako Posten Errege Bidea eratu zenean, Gaztela eta Frantziako gorteak lotzen zituena, Gipuzkoara Sandrati/San Adriango tuneletik igaroz. Hori dela eta, XV. mendetik aurrera, herria muinotik lautadara jaitsi zen, bidearen bazterrera, eta gainean San Roman parrokia geratu zen.
XVI. mendean 200 biztanle inguru zituen eta sei elizgizon mantentzen zituen. 1556an, XVIII. mendearen amaieran ospitale baten existentzia dokumentatua agertzen da. Garai horretan, Ganboako Ermandade Realengarena zen, ondoren Ganboa udalerria izan zena, 1956an Uribarri Ganboako urtegia eraiki zenean desagertu zena. 1802an, Mendixurrek 90 biztanle inguru zituen, abade onuradun bat mantentzen zutenak. Mendixurrek 53 biztanle ditu gaur egun.